SimpleDesign'ın geliştirilmesi, Apple'ın daha önce yayımladığı SimpleFold çalışmasının devamı niteliğinde görülüyor. Araştırmacılar geçtiğimiz Eylül ayında yayımladıkları bu çalışmada, bir proteinin amino asit dizisinden 3 boyutlu yapısını tahmin etmek için akış eşleştirme tabanlı bir model sunmuştu. Bu yöntemde model, rastgele ve gürültülü bir başlangıçtan hedef yapıya doğru daha doğrudan bir dönüşüm öğreniyor.
SimpleFold'da olduğu gibi SimpleDesign da genel amaçlı Transformer bloklarından yararlanıyor. Transformer mimarileri özellikle metin ve kod üretiminde yaygın biçimde kullanılsa da, Apple araştırmacıları bu yapının protein dizileri ve geometrik yapılar gibi farklı veri türlerini birlikte işlemek için de kullanılabileceğini inceliyor. Bu yaklaşım, AlphaFold gibi protein katlanması alanında öne çıkan sistemlerde görülen daha karmaşık ve hesaplama açısından maliyetli yapıların yerine daha genel bir modelleme çerçevesinin kullanılabileceği fikrine dayanıyor.
Modelin eğitimi için, büyük ölçüde AlphaFold Veritabanı'ndan tahmin edilen yapıları ve ek örnekleri bir araya getiren AFESM veri kümesinden 2 milyondan fazla protein dizisi ve yapı çifti kullanıldı. Eğitim sırasında hem amino asit dizileri hem de bunlara karşılık gelen 3 boyutlu yapılar kontrollü biçimde bozuldu. Dizilerdeki amino asitler rastgele maskelenirken, yapı koordinatlarına da değişen seviyelerde gürültü eklendi. Bu işlem, modelin yalnızca tek bir göreve değil, diziden yapıya ve yapıdan diziye uzanan farklı problemlere aynı eğitim çerçevesi içerisinde uyum sağlamasını amaçlıyor.
Araştırmacıların değerlendirmelerine göre SimpleDesign, daha sade eğitim sürecine rağmen protein ortak tasarımı, yapı üretimi ve dizi üretimi kıyaslamalarında rekabetçi sonuçlar verdi. Model tarafından oluşturulan yapıların protein açısından makul geometrilere sahip olabildiği, üretilen amino asit dizilerinin ise birçok çok modlu rakip modelle benzer veya bazı ölçümlerde daha iyi sonuçlar sunduğu belirtildi. Bununla birlikte bu sonuçlar şimdilik bilgisayar tabanlı değerlendirmelerle sınırlı durumda. Üretilen proteinlerin gerçek biyolojik sistemlerde doğru biçimde katlanıp katlanmayacağı, beklenen işlevi yerine getirip getirmeyeceği veya güvenli davranıp davranmayacağı henüz deneysel olarak doğrulanmış değil.
Tükettiğinden çok elektrik üreten elektrikli otomobil